대검찰청과 법무부가 국회에 제출한 의견에서 검찰 보완수사권을 폐지하려는 형사소송법 개정안에 대해 우려를 표명했다. 대검은 8일 언론 공지를 통해 국회 의견 요청에 응해 "충분한 검토와 숙의 절차를 거칠 필요가 있다"는 취지의 입장을 밝혔다.
대검은 보완수사권을 "국민의 기본권을 보호하고 억울한 피해자가 나오지 않도록 하는 검사의 중요한 책무이자 사법 통제의 효과적인 수단"으로 규정하며 존치 필요성을 강조했다. 1954년 형사소송법 제정 이후 70년 이상 유지된 이 제도는 사법경찰관의 수사 지연, 오류, 판단 누락을 바로잡을 수 있는 "가장 신속하고 효율적인 사법 통제 수단"이라고 주장했다. 보완수사권을 인정하지 않고 보완수사 요구만으로 해결할 경우 검찰과 경찰 간 「사건 핑퐁」 속에서 "억울한 피해자가 양산될 것"이라고 지적했다.
개정안이 대안으로 제시한 '보완수사 요구' 조항의 실질적 효력도 의문을 제기했다. 개정안은 경찰이 정당한 이유 없이 검사의 보완수사 요청을 거부할 경우 검사가 그 경찰관의 직무를 배제하거나 교체를 청구할 수 있도록 규정했지만, 대검은 "정당한 이유 없이"라는 예외 조항이 지나치게 포괄적·모호해 실질적 사법 통제가 불가능할 수 있다고 우려했다.
또한 경찰이 수사한 모든 사건을 검찰에 넘기는 '전건송치 제도'의 재도입도 제안했다. 현행 불송치 결정권이 1차 수사기관에 광범위한 권한을 부여하면서 수사-기소 분리 원칙을 훼손한다는 논리다. 공소 제기 여부를 일반 시민 중심의 '공소심의위'에 맡기는 내용에 대해서는 "권한과 책임의 불일치라는 구조적 문제"가 있다고 지적했다.
법무부는 "보완수사가 폐지되면 국민의 인권 보호 및 억울한 범죄피해자 구제에 문제가 발생할 수 있다"며 국회에 검토 의견을 제출했다. 보완수사 요청의 제약 속 수사 효율성 악화, 영장 집행 과정에서의 검사 지휘권 축소로 인한 현장 혼선, 압수수색 사전 심문 제도 도입 시 수사의 비밀 유지 훼손 우려 등도 함께 언급했다.
